De gezondheidsvoordelen van probiotica houden niet alleen verband met de gebruikte stammen, maar zijn ook nauw verbonden met de dosering. Wetenschappelijk onderzoek toont aan dat probiotica alleen kunnen koloniseren, vermenigvuldigen en regulerende effecten in de darmen kunnen uitoefenen als ze in voldoende hoeveelheden worden geconsumeerd. Hierdoor kunnen ze de darmmicrobiota verbeteren, de spijsvertering en opname van voedingsstoffen bevorderen of de immuniteit verbeteren. De effectieve dosis varieert echter afhankelijk van de soort. Sommige soorten kunnen bijvoorbeeld positieve effecten veroorzaken bij een dagelijkse inname van slechts een paar honderd miljoen levende cellen, terwijl andere hogere hoeveelheden nodig hebben om merkbare voordelen te bereiken.
Voor dezelfde soort is het binnen een bepaald bereik doorgaans waarschijnlijker dat een hogere dosis aanzienlijke gezondheidsvoordelen oplevert dan een lagere dosis. Dit betekent echter niet dat ‘meer altijd beter is’. Het overschrijden van de aanbevolen dosis zal het effect niet continu versterken en kan zelfs leiden tot verspilling of, in sommige gevallen, het risico op maag-darmklachten vergroten.
Omdat verschillende stammen verschillende kenmerken en werkingsmechanismen hebben, geeft het eenvoudigweg vergelijken van het aantal levende cellen in een product bovendien geen indicatie van de algehele werkzaamheid ervan. Een meer wetenschappelijke manier om de effectiviteit van probiotica te evalueren, is door te verwijzen naar klinisch bewijs dat de specifieke stam ondersteunt, in plaats van alleen naar de hoeveelheid. Bij het kiezen van producten moeten consumenten zich concentreren op soorten met klinische onderzoeksgegevens en gezaghebbende certificering, en die soorten selecteren die geschikt zijn voor hun individuele behoeften in plaats van blindelings te streven naar hoge doses of enorme aantallen levende bacteriën.